玻璃恒溫水浴在化學實驗中，盛放反應物質的玻璃缸經過化學反應后，往往有殘留物附著在玻璃鋼的內壁，尤其是在經過高溫加熱或放置反應物質時間較長時，更不易洗凈。更重要的是玻璃缸的不干凈會影響實驗效果，甚至讓實驗者觀察到錯誤現象。因此，對于玻璃恒溫水浴必須定期的清洗干凈。

　　對于玻璃缸的清洗在一般情況下，可選用市售的合成洗滌劑，對玻璃儀器進行清洗。但是當玻璃缸內壁附有難溶物質，用合成洗滌劑無法清洗干凈時，應根據附著物的性質，選用合適的洗滌劑。如附著物為堿性物質，可選用稀鹽酸或稀硫酸，使附著物發生反應而溶解；如附著物為酸性物質，可選用氫氧化鈉溶液，使附著物發生反應而溶解；若附著物為不易溶于酸或堿的物質，但易溶于某些有機溶劑，則選用這類有機溶劑作洗滌劑，使附著物溶解。在清洗和浸泡的同時可利用玻璃恒溫水浴可加熱的特性，適當對洗液進行加熱，效果可能會更好。清洗時配合刷子上下刷洗，須用力適當，避免損壞儀器及劃傷皮膚。用清洗劑清洗完畢后需用自來水或蒸餾水沖洗2-3次，有條件的話可以配合超聲清洗。當倒置儀器，器壁形成一層均勻的水膜，無成滴水珠，也不成股流下時，即已洗凈。需特別注意的是清洗時一定要帶上手套，避免酸堿洗劑灼傷手部。

　　玻璃恒溫水浴內的水量一般不可低于1/2，不可使加熱管露出水面以免燒壞，造成漏水、漏電。為保證恒溫的效果，可在恒溫容器于箱體接觸的部位用硬紙板封嚴，恒溫容器中的恒溫物品應低于水浴鍋的恒溫水面。如果要水浴內水溫達到100℃，作沸水蒸餾用時，可將調節旋扭調至終點。